Algo misterioso ocurre en la isla de los reploid, toda su información ha sido eliminada. El equipo de investigación descubre reploids anómalos infectados por un extraño chip DNA. 116m1m

Este chip, conocido como DNA Soul, reemplaza la información útil con un devastador virrus que pone de inmediato a todos los reploids en peligro. Ahora depende de Mega Man X y su camarada, Zero, llegar a la isla y descubrir quién está detrás de este peligroso virus.